勤怠管理システムおすすめランキング｜厳選4品を一気に比較！

サービス	月額料金目安	おすすめポイント	詳細
株式会社バルテック MOT勤怠管理多彩な打刻・自動通知	¥3,980〜 / 月初期費用 31,500円	多彩な打刻（スマホ・顔認証等）に対応。GPSで不正防止。残業超過や未退勤時にメッセージや電話着信で自動通知。有給の自動管理やシフト管理機能が標準搭載で工数削減。	詳細を見る
株式会社ファーストコンサルティング FC勤怠柔軟カスタマイズ	¥10,000〜 / 月初期費用 10,000円〜	独自の勤怠ルールや複雑な計算にもプログラムレベルで柔軟に対応。専門スタッフによる無制限の電話サポートで運用のお悩みも迅速解決。英語表示切替や多様な雇用形態を網羅し、複雑な運用にも適応。	詳細を見る
株式会社スマレジスマレジ・タイムカード 10名まで完全無料	¥0〜 / 月初期費用要問合せ	勤怠からマイナンバー、年末調整まで一元管理でペーパーレス化。写真撮影・笑顔認証・GPSによる打刻で不正を未然に防止。アカウント作成から60日間は全機能を無料でトライアル可能。	詳細を見る
株式会社庚伸 Dr.オフィスLookJOB2 人数無制限の定額制	¥3,800〜 / 月初期費用 0円	登録人数無制限の月額定額制プランで、従業員増でもコスト減。 ICカードやスマホのGPS打刻、API連携で管理負荷を解消。日本初・特許取得済みの「安否確認機能」をオプションで搭載。	詳細を見る

サービス	タイプ	主要機能	詳細
株式会社庚伸 Dr.オフィスLookJOB2	定額制クラウド型	PC・スマホ・ICカード対応の打刻、GPS座標取得による不正防止有給自動計算、申請ワークフロー完結、外部給与ソフトAPI連携災害時に自動配信・一括配信が可能な特許取得の安否確認オプション	詳細を見る
株式会社スマレジスマレジ・タイムカード	オールインワン型	iOSアプリ/Web打刻、顔写真・笑顔認証・GPSによる本人確認希望シフト収集から確定までオンライン完結の高機能シフト管理自動給与計算・法改正自動アップデート、36協定遵守の労務アラート	詳細を見る
株式会社ファーストコンサルティング FC勤怠	カスタマイズ特化型	自社独自の勤怠ルールに合わせたプログラムレベルの調整労働時間リアルタイム計算と36協定違反リスクのアラート通知法定内・深夜・早出の区別と事前申請・承認ワークフロー	詳細を見る
株式会社バルテック MOT勤怠管理	多機能・クラウド型	アプリ、ブラウザ、顔認証、QRコードなど多様な打刻超過勤務や未退勤者への電話着信・メッセージ警告有給自動付与・消滅・繰越管理およびシフト管理機能	詳細を見る

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勤怠管理システムの選び方のポイントを解説！

働き方改革関連法の施行以降、企業の労働時間管理は「単なる集計」から、「過重労働防止と法的リスクヘッジ」のための経営インフラへと役割を変えました。

現代の勤怠管理システム選定においては、テレワークや店舗運営、複雑な雇用形態への対応はもちろん、客観的な記録による労働時間の把握と不正防止が強く求められています。本稿では、管理部門の工数を劇的に削減しつつ、コンプライアンスを強化するための選定基準を解説します。

ポイント1：【企業の規模感とコスト構造の最適化】

選定の第一歩は、従業員数と将来の拡大を見越した「料金体系」のチェックです。

小規模・店舗運営・スタートアップ
まずは、低コストかつ多機能なサービスが適しています。「10名まで無料」や「60日間の全機能トライアル」があるサービスを選べば、リスクなく導入を開始できます。特に店舗運営では、笑顔認証やGPS打刻による不正防止、人時生産性の分析まで一元管理できるかどうかがROI向上の鍵となります。
中堅・大手企業および人数急増中の組織
従業員数が増えるほど「1人あたり課金」はコスト負担が増大します。「登録人数無制限の月額定額制」を採用しているシステムを選定することで、採用ペースが速い組織でもランニングコストを一定に抑えられます。また、災害時の安否確認機能など、企業規模に応じたBCP（事業継続計画）視点の付加価値も重要です。

ポイント2：【業務フローへの柔軟性とサポート体制】

就業規則や計算ルールが複雑な場合、パッケージの「標準機能」だけでは対応できないことがあります。

独自の勤怠ルール・複雑な計算への対応
派遣、正社員、外資系、フレックス制など、多様な雇用形態が混在する現場では、プログラムレベルでのカスタマイズが可能かを確認してください。既存システムの制約に運用を合わせるのではなく、自社独自のルールを自動化できる柔軟性が、管理部門の負担を根本から解消します。
導入・運用を支えるサポートの質
システム導入時の初期設定は、専門知識を要する作業です。「回数無制限の電話サポート」や専門スタッフによる伴走体制があるベンダーを選ぶことで、技術的な疑問や運用の悩みを迅速に解決し、安定稼働を確実に実現できます。

ポイント3：【法的要件・給与連携・データ活用】

勤怠データは給与計算の根拠となるため、正確性と連携性が不可欠です。

給与計算API連携と法改正自動対応
勤怠データをCSV出力して手動で取り込む作業はミスの温床です。主要な給与計算ソフトとのAPI連携が可能か、法改正時にクラウド上で自動アップデートが行われるかを確認してください。月次集計から年末調整までを一気通貫でペーパーレス化できるシステムが、現代のスタンダードです。
労務アラートによるリスク管理
36協定の遵守状況や残業時間の上限をシステムが常時監視し、規定を超えそうな従業員や管理者へ自動通知するアラート機能は、過重労働や法的リスクを未然に防ぐために必須の機能です。

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勤怠管理システム厳選比較表！

サービス	月額料金目安	おすすめポイント	詳細
株式会社バルテック MOT勤怠管理多彩な打刻・自動通知	¥3,980〜 / 月初期費用 31,500円	多彩な打刻（スマホ・顔認証等）に対応。GPSで不正防止。残業超過や未退勤時にメッセージや電話着信で自動通知。有給の自動管理やシフト管理機能が標準搭載で工数削減。	詳細を見る
株式会社ファーストコンサルティング FC勤怠柔軟カスタマイズ	¥10,000〜 / 月初期費用 10,000円〜	独自の勤怠ルールや複雑な計算にもプログラムレベルで柔軟に対応。専門スタッフによる無制限の電話サポートで運用のお悩みも迅速解決。英語表示切替や多様な雇用形態を網羅し、複雑な運用にも適応。	詳細を見る
株式会社スマレジスマレジ・タイムカード 10名まで完全無料	¥0〜 / 月初期費用要問合せ	勤怠からマイナンバー、年末調整まで一元管理でペーパーレス化。写真撮影・笑顔認証・GPSによる打刻で不正を未然に防止。アカウント作成から60日間は全機能を無料でトライアル可能。	詳細を見る
株式会社庚伸 Dr.オフィスLookJOB2 人数無制限の定額制	¥3,800〜 / 月初期費用 0円	登録人数無制限の月額定額制プランで、従業員増でもコスト減。 ICカードやスマホのGPS打刻、API連携で管理負荷を解消。日本初・特許取得済みの「安否確認機能」をオプションで搭載。	詳細を見る

サービス	タイプ	主要機能	詳細
株式会社庚伸 Dr.オフィスLookJOB2	定額制クラウド型	PC・スマホ・ICカード対応の打刻、GPS座標取得による不正防止有給自動計算、申請ワークフロー完結、外部給与ソフトAPI連携災害時に自動配信・一括配信が可能な特許取得の安否確認オプション	詳細を見る
株式会社スマレジスマレジ・タイムカード	オールインワン型	iOSアプリ/Web打刻、顔写真・笑顔認証・GPSによる本人確認希望シフト収集から確定までオンライン完結の高機能シフト管理自動給与計算・法改正自動アップデート、36協定遵守の労務アラート	詳細を見る
株式会社ファーストコンサルティング FC勤怠	カスタマイズ特化型	自社独自の勤怠ルールに合わせたプログラムレベルの調整労働時間リアルタイム計算と36協定違反リスクのアラート通知法定内・深夜・早出の区別と事前申請・承認ワークフロー	詳細を見る
株式会社バルテック MOT勤怠管理	多機能・クラウド型	アプリ、ブラウザ、顔認証、QRコードなど多様な打刻超過勤務や未退勤者への電話着信・メッセージ警告有給自動付与・消滅・繰越管理およびシフト管理機能	詳細を見る